广州足球队成立于1954年6月，是中国第一支地市级专业足球队。1993年1月，广州足球队通过和太阳神集团合作，成为中国第一家政府与企业合股的职业足球俱乐部,开创了中国职业足球的先河，是中国足球的先驱力量。从1994年职业化足球以来，广州足球在中国足球版图上占据着重要的位置。无论是广东宏远还是广州太阳神，在当时的甲A联赛里都排名上游。1994赛季甲A联赛结束后，广州太阳神队以27分的成绩夺得亚军。不过在此之后，广州足球开始走下坡路。
到了1999赛季，广州太阳神以20分的成绩位列最后一名不幸降级。此后在相当长的时间内，广州足球只能混迹于甲B行列，不得不承认从那时起，广州足球的落后是不争的事实。究竟是什么原因导致了广州足球的这种“一落千丈”？广州足球名将彭伟国干脆的抛出了这样一句话：“没有钱呗！”当越来越多的人将职业足球形容为一项“烧钱运动”的时候，广州足球的投入确实寒碜。
广州白云山时代(1984-1992年)
1984年，广州队在第一届足协杯赛打到了第8名，第二次升入甲级。这个时候中国处于改革开放初期，敢开风气之先的广州人开始尝试在足球领域接触市场，1984年10月，广州白云山制药厂与广州市体委签约，以每年赞助20万元的条件联办广州足球队，开全国企业承办优秀运动队的先河。时至今日，广州白云山制药厂已经成为广药集团旗下的一分子，可以说，广药集团接手广州队完成“冲超梦”，实际上种子在22年前就已播下。
1986年，广州白云队开创国内引进教练的先河，聘请戚务生执教。1989年，广州白云队扩大为足球俱乐部，但在该年有国家二队参加的甲A比赛中，白云队只获得倒数第一名，再度降级。
1990年，在陈亦明的率领下，白云队以甲B第2名的身份升入甲A，第三次升入顶级联赛。1992年，“少帅”周穗安挂帅，在麦超、吴群立、李勇等一班老将和以彭伟国为代表的年轻球员努力下，球队最终拿回亚军，这也是广州足球在中国足球“专业时代”所获得的最高荣誉。
广州太阳神时代(1993-2000年)
1992年中国足球开始酝酿体制改革，次年10月，决定把1994年甲A联赛作为改革试点。1993年1月8日，广州太阳神集团与广州体委签约，为中国首家股份制职业足球俱乐部。1994年联赛初期受到内讧影响，成绩下滑，但随后发力取得6连胜，包括客场以6比1大胜上海申花一役，获得职业化后首届顶级联赛的亚军，阵内的彭伟国、胡志军成为著名的球星。
1995年先经历换帅，后出现内部矛盾等负面新闻，最终只得到第5名，是年将二队卖给松日。次年广州一城之内出现了3支甲A球队(广州太阳神、广东宏远、广州松日)，广州足球达到了自职业化以来的顶峰，但成绩再下滑至第七名。
1996赛季结束后，先后有13名球员提出转会申请，最终有9人离队，整体实力明显下降，经过换帅后只能勉强保级。1998年随着彭伟国和胡志军离队，以及没有二队造成青黄不接，还有部分垄断国企介入足坛，使俱乐部的竞争处于下风，球队最终以最后一名降级，而俱乐部则主动要求警方介入调查部分球员的涉 嫌赌 球行为。该年与广州松日的同城德比，裁判共向双方球员出示5红10黄，创造了中国职业足球至今在单场比赛出现红黄牌最多的记录。
1999年太阳神集团与广州市体委续签5年合约，但只能名列甲B第八名。2000年俱乐部投入超过2000万元，但开局连返失利。致最后一轮以许胜不许和的条件，与北京宽利上演保级大战，战至下半场补时阶段凭武汉内援曾庆高的远射破门，使球队艰难保级，致使对手降至乙级联赛。赛后数千球迷涌入场内，俱乐部工作人员和球员失声痛哭，场面催人泪下。
广州吉利时代(2001年)
2001年初，太阳神退出，总部位于浙江的吉利集团开始赞助，降入乙级联赛的广州松日并入组成新的广州队。吉利集团多次在主场比赛的中场休息时间举行汽车抽奖，极大刺激了球市。球队在该赛季取得第四名的成绩，但由于排行二、三名的球队身陷假球丑闻，被取消晋级资格，外界普偏认为广州队可以以递补的资格晋级，可惜最终未能如愿。吉利由于达不到预期的宣传效果，于是也退出了赞助行列。
广州香雪时代(2002-2003年)
2002年，广州市足协托管广州足球队，香雪制药以800万元冠名。球队以锻炼新人为目的，联赛最终排名倒数第二(第11名)，由于该年没有升降级，仍留在甲B。2003年，香雪制药继续以800万元冠名。球队当年取得甲B第3名，广州足球看到了希望。
广州日之泉时代(2004-2005年)
2004年，日之泉以象征性的1元人民币获得广州足球70%的股权，成为广州足球职业联赛以来第三个最大持股人，广州中一药业以600万元冠名，球队以“广州日之泉中一药业队”征战该年中甲联赛。
2005年，天河城和广州市城建集团赞助球队650万元。在日之泉入主的两年里，球队邀请了多位能力较好的外援加盟，如乔吉姆、加利，后因膝盖十字韧带受伤而离开)、林久克等，虽然球队在这两个赛季的联赛里都只是输了4场比赛，但是都只获得第四名而冲超失败。
广州医药时代(2006年至2009年)
2006年初，日之泉和香雪全身退出，广州医药集团获得球队90%股份，成为广州足球队历史上第四个最大股东持有者，成立广州医药足球俱乐部，聘任名帅戚务生执教，但球队在最后阶段遭遇多支中游球队的联合阻击，最终仅列第3名，冲超失败。
2007年赛季请来前中国国家奥林匹克足球队和北京国安主教练沈祥福执教及买入徐亮、李帅、贾文鹏、拉米雷斯等有实力的球员，球队在联赛表现非常出色。徐亮、李帅、卢琳、徐德恩也先后入选国家队和国奥队。广州队主场气氛非常热烈，火爆的球市在国内非常出名，2006年平均入场人数甚至高于除了山东鲁能之外的所有中超联赛球队主场的平均入场人数，曾在2007年联赛最后一轮座无虚席创下越秀山记录。每场比赛均有4个电视 频道直播和1个电台直播在国内亦绝无仅有。球队在广州球迷，广州政府，广州媒体，广州企业等各界的关注和支持下，教练员和新老球员的努力下，连战连捷，并打破多项球队和联赛记录。
在次级联赛踢了9个赛季之后，在经历过2000赛季惊险保级和2001，2004，2005，2006这4个赛季的冲超(甲A)失败后，广州广药在2007年的联赛中表现非常优越，提前3轮升上中国足球超级联赛，并获得球队职业联赛历史上第一个联赛冠军。
由于2009年底在中国足坛反赌风暴中被揭发曾经在2006赛季先后两次参与打假球，中国足协于2010年2月23日做出处罚，广州广药和另一支涉假球队成都谢菲联一同被降入2010年中国足球甲级联赛。2010年初，广药集团正式退出，俱乐部由广州足协暂时托管。
广州恒大时代(2010年至今)
2010年3月1日，恒大集团以一亿元买断广州足球俱乐部全部股权，俱乐部正式更名为广州恒大足球俱乐部。2010赛季，球队以联赛第一的成绩提前三轮冲超成功，为广州足球重燃希望。
2011赛季，广州恒大队创造了44场联赛不败纪录，提前四轮获得中超联赛冠军，为广州足球首次捧起顶级联赛冠军奖杯。
2012赛季，广州恒大队提前一轮成为中国足球历史上第一支中超联赛卫冕冠军，并夺得广州足球历史上的第一座足协杯冠军和超级杯冠军，一年获得三座奖杯。
2013赛季，广州恒大队以77分顶级联赛最高积分和78球顶级联赛最多进球纪录，提前三轮加冕中超冠军，实现中超联赛三连冠。首夺亚冠冠军，创造了中国足球俱乐部夺得首个改制后亚冠联赛冠军的历史，摩洛哥世俱杯夺得第四名。
2014赛季，阿里巴巴集团增资扩股，成为中超联赛第一支四连冠球队，亚冠联赛也连续第三年杀入亚冠八强。
2015赛季，俱乐部新三板挂牌上市成为“亚洲足球第一股”，以26轮中超最长连续不败纪录，成就中超五连冠霸业，创造中超最多夺冠次数新纪录，亚冠赛场再奏凯歌，再次荣登亚洲之巅，日本世俱杯获得第四。
2016赛季，超级杯决赛2：0战胜江苏苏宁夺得第二座超级杯奖杯，提前两轮再夺联赛冠军实现中超六连霸，与江苏苏宁的足协杯决赛两回合3-3再捧冠军，造就国内三冠王壮举。
2017赛季，超级杯决赛1：0战胜江苏苏宁成功卫冕，保利尼奥正式转会欧洲豪门巴塞罗那，转会费为4000万欧元。提前两轮卫冕中超联赛冠军，豪取中超七连冠创造历史。
2018赛季，超级杯决赛4：1战胜上海绿地申花，连续三年夺得超级杯。
2019赛季，广州恒大淘宝队勇夺中超冠军，成就中超“八冠王”伟业。
广州足球俱乐部成为目前亚洲最为成功、最具影响力的职业足球俱乐部之一。